Сценарий основан на реальных событиях ноября 2006 года.
Тоггда власти Канады задержали в аэропорту Монреаля Пола Уильяма Хэмпела. Через день власти страны обвинили его в сотрудничестве со Службой Внешней Разведки России. Еще позже прямо назвали его шпионом.

Вся история попала в прессу, однако в постановлении суда, предписавшего депортацию Хэмпела в Россию, основания базировались на засекреченных фактах шпионской работы. А в суде выступали агенты спецслужб под псевдонимами.
Подозреваемый более 15 лет жил в Канаде по фальшивому паспорту, по работе часто ездил на Балканы. А вся тактика конспирации, по мнению специалистов, напоминала схемы работы КГБ.
Вскоре Хэмпел был депортирован в Россию, где его следы затерялись. Служба Внешней Разведки отказалась как-либо прокомментировать эту ситуацию.
Название для фильма, "Троян", выбрано по аналогии с семейством компьютерных вирусов, разрушающими программы, глубоко маскируясь в файловой системе.