Молекулярні біологи з США представили комп'ютерну симуляцію, на якій показано взаємодію капсиду (зовнішньої білкової оболонки) вірусу імунодефіциту людини з навколишнім середовищем.
Відповідний ролик опубліковано на сайті Іллінойського університету в Урбані-Шампейні.
На ньому показані жовті і сині частки – вхідні та вихідні з капсида іони – всередині вірусу.
Негативні іони, як показало моделювання, про яке повідомляється в журналі Nature Communications, накопичуються на позитивно зарядженій поверхні всередині капсида, тоді як позитивні розташовуються зовні. Саме останні притягують негативно заряджені нуклеотиди, з яких складається ДНК клітини, в яку впроваджується ВІЛ.
При певному значенні різниці потенціалів можливий розрив стінки капсида. Дану уразливість ВІЛ вчені планують використовувати для профілактики і лікування ВІЛ-інфекції.
Комп'ютерна модель капсида включає в себе 64 мільйони атомів. Симуляція створена з використанням методів молекулярної динаміки. Необхідні розрахунки проводилися протягом двох років на суперкомп'ютерах Titan і Blue Waters